Jørgen Fischer Nilssons område er videnbaserede IT-systemer (”knowledge based systems”) herunder brug af formelle logikker til konstruktion af disse. For øjeblikket beskæftiger han sig med formelle ontologier, dvs. klassifikationssystemer for begreber, med henblik på udnyttelse af disse til indholdsbaseret søgning i tekster. Han er professor i datalogi i sektionen ” Computer Science and Engineering” på institut for Informatik. Han er uddannet som civilingeniør på DTU i 1974 og lic.tech. DTU 1977. Efter ophold som post doctoral fellow ved IBM Research Labs, Dept. of Computer Science, Cal., USA, 1976-77 arbejdede han i IT- ingeniørvirksomheder før ansættelsen på DTU 1980. Han har derudover været gæsteprofessor ved udenlandske universiteter. Han varetager undervisningen i videnbaserede systemer og inden for kunstig intelligens og maskinel sprogbehandling. Han har publiceret videnskabelige artikler blandt andet inden for emnerne relationsdatabasesystemer, formel sprogteori, logikprogrammeringssprog og –metodik, logisk vidensrepræsentation, argumentationsteori og ontologier.